非法滯留（逾期停留）係指超過核定之在留期間仍停留日本，或係以虛偽、偽裝等方式入境之情形。出入國在留管理廳為使身陷非法滯留困境者易於自行到案，致力完善相關環境，並鼓勵民眾主動到案申告。
非法滯留者可選擇之途徑
非法滯留者依是否希望返回母國與是否希望繼續在日本生活，所需辦理之手續並不相同。無論何種情形，首要之務皆為前往鄰近之地方出入國在留管理局到案（申告）。
希望返回母國之情形
若您已超過在留期間仍停留日本，且希望返回母國，於符合要件時，得利用離境命令制度。利用該制度者，原則上得在無需收容之情況下，以相對簡便之程序離境。
- 經強制遣返程序離境者：原則上至少五年內不得再入境日本。
- 依離境命令制度離境者：不得再入境之期間為一年。
離境命令制度之適用對象，主要須符合下列等要件（未該當在留期間經過以外之強制遣返事由、未曾受強制遣返或離境命令、可預期將儘速離境等）。詳情請參閱出入國在留管理廳「到案申告說明」。
縱使不符合離境命令之要件，若您已主動到案，亦可能依監理措施在不遭收容之情況下辦理後續手續。
希望繼續在日本生活之情形
若您希望繼續留在日本，首要之務為向出入國在留管理局到案，並陳述希望於日本生活之理由等。
- 到案後，可能依監理措施在不遭收容之情況下辦理手續。
- 於強制遣返程序進行中，得向法務大臣申請在留特別許可。若獲特別許可在留，非法滯留之狀態即告消除，得以合法在留身分繼續於日本生活。
- 審查在留特別許可時，主管機關會依據「在留特別許可相關指引」，綜合考量是否主動到案申告、與日本人之婚姻關係、於日本長期生活之安定性、子女是否就讀日本學校等因素。惟並非必然獲准，請務必詳閱該指引內容。
若遭收容：假釋放許可申請
因非法滯留而於出入國在留管理局遭收容時，若提出假釋放許可申請並獲准，得於附條件下暫時離開收容設施。獲准假釋放後，得於非收容狀態下等待在留特別許可等審查結果。
關於在留特別許可申請
屬強制遣返程序對象者，若希望留在日本，得向法務大臣申請在留特別許可。主管機關會綜合考量人道與個別情形（家族關係、在留經過、素行等），於例外情形下核准在留。若獲准，將依法核發在留資格，您即可以合法在留身分生活。
