非法滞留（逾期居留），是指超过许可的在留期间仍停留在日本，或以虚假、伪装等方式入境等情形。出入国在留管理厅正为处于非法滞留状态的人士完善「便于主动报到」的环境，并鼓励其主动到窗口报到。
非法滞留状态下可考虑的选择
若处于非法滞留状态，希望回国与希望继续在日本生活时，可办理的手续并不相同。无论何种情形，首先都建议您前往居住地附近的地方出入国在留管理局主动报到（申报）。
希望回国的情形
对在留期间届满后仍停留在日本且「希望回国」的人士，有时可适用出境命令制度。适用该制度时，可在不被收容的前提下，以相对简便的手续离境。
- 经强制遣返程序离境的情形：原则上至少5年不得再次入境日本。
- 经出境命令制度离境的情形：不得再入境的期间为1年。
能够适用出境命令制度的，主要是符合一定条件的人士（例如：除在留期间届满外不构成其他强制遣返事由、过去未曾被强制遣返或受过出境命令、能够尽快离境等）。详情请参阅出入国在留管理厅《主动报到（出頭申告）指南》。
即使不符合出境命令的对象条件，若您主动报到，亦有可能依据监理措施在不被收容的情况下继续办理相关手续。
希望继续在日本生活的情形
若希望继续在日本停留，首先向地方出入国在留管理局主动报到，并陈述希望在日本生活的理由等，尤为重要。
- 主动报到后，有可能依据监理措施在不被收容的情况下继续办理手续。
- 在强制遣返程序进行过程中，可向法务大臣申请在留特别许可。若获得特别许可，非法滞留状态将得以消除，并可作为具有正规在留资格的人士继续在日本生活。
- 在留特别许可的审查中，将根据《与在留特别许可相关的指南》，综合考虑是否主动报到申报、与日本人结婚、在日本长期生活（定居性）、子女就读于日本学校等因素。亦存在不予许可的情形，请务必仔细查阅指南内容。
被收容时：临时释放许可申请
因非法滞留被地方出入国在留管理局收容时，通过提出临时释放许可申请，有时可在附条件的前提下离开收容设施。若临时释放获得批准，即可在不被收容的状态下等待在留特别许可等审查。
关于在留特别许可申请
属于强制遣返程序对象的人士若希望「继续留在日本」，可向法务大臣申请在留特别许可。有关部门将综合考量人道及个案情况（家庭关系、在留经历、品行等），在例外情形下有可能准予在留。若获许可，将被赋予在留资格，可作为具有正规在留资格的人士生活。
