上陸拒否の特例とは、上陸特別許可を受けて日本に滞在している外国人が、日本を出国して再度日本に入国する際に、上陸拒否期間中であれば、入国する度に入国審査官、特別審理官、法務大臣の審査が必要で無駄な部分がありました。

その無駄をなくすために、すでに日本から出国していても、退去命令で退去して相当の期間が経過し、在留資格認定証明書やビザ(査証)が取得できていれば、法務大臣が適当と認めるときは、入国審査官が上陸許可の証印をできるようにした制度です。

Q&A(法務省入国管理局引用)

2010年から上陸拒否事由に該当している人についての取扱いが変わると聞きましたが,具体的にどのように変わるのですか。
例えば、退去強制歴があるため上陸拒否期間中の外国人が、本国で日本人と出会って婚姻した場合に、法務大臣が、諸般の事情を考慮して上陸特別許可を与えたようなときであっても、その後、その外国人が本邦に再入国しようとするたびに、入国審査官,特別審理官、法務大臣と三段階の手続を経て上陸特別許可をしなければならないことになるなど、必ずしも合理的とはいえない場合もありました。
現在は、外国人に上陸拒否事由に該当する特定の事由がある場合であっても、法務大臣が相当と認めるときは、改めて入国審査官,特別審理官,法務大臣と三段階の手続を経て上陸特別許可を再度行わずに、入国審査官が上陸許可の証印をできるようにすることにより上陸手続の簡素化されました。
特例の対象となる人が法務省令で定められたと聞きましたが,どのような人が対象となるのですか。また,対象となった人には、そのことが知らされるのですか。
特例の対象となるのは、入管法第5条に規定する上陸拒否事由のうち、同条第1項第4号,第5号、第7号、第9号又は第9号の2に該当する方で、法務省令が改正される7月1日以降に再入国許可を受けた方、難民旅行証明書の交付を受けた方、在留資格認定証明書の交付や査証(法務大臣との協議を経たものに限る。)の発給を受けた方で法務大臣が特別な理由があると認めた方です。これらの方には、相当と認めるときには通知書を交付して知らされます。
通知書が交付された場合は、通知書に記載された上陸拒否事由に該当することのみによっては上陸を拒否されることはありませんが、他の上陸拒否事由に該当していた場合等には上陸を拒否されることとになります。